Naast de dagelijkse samenwerking met de kinderartsen van het Flevoziekenhuis werken wij ook nauw samen met academische ziekenhuizen en specialistische centra die in De Kinderkliniek met hun eigen academische specialisten speciale poli’s verzorgen.

Het Amsterdam Universitair Medische Centra (Amsterdam UMC):
Onder leiding van prof. dr. M.A. Benninga, hebben gespecialiseerde artsen van de afdeling kindermaag-darmziekten van het Emma Kinderziekenhuis in De Kinderkliniek een eigen MDL poli.
Ook heeft het Amsterdam UMC in De Kinderkliniek een poeppoli. Hier worden kinderen geholpen die problemen hebben met poepen en obstipatie.
De kindercardiologen van het Amsterdam UMC hebben een wekelijks cardiologisch spreekuur. Hier komen kinderen onder meer bij verdenking van een hartruis. 
De klinisch geneticus die maandelijks komt, richt zich op (het onderzoek naar) erfelijke aandoeningen.

Het Wilhelmina Kinderziekenhuis (WKZ):
De reumatoloog/immunoloog is regelmatig bij ons voor een poli. Deze arts houdt zich bezig met ziektes van gewrichten en spieren en ziektes aan het immuunsysteem, zoals reuma www.hetwkz.nl 

Stichting Epilepsie Instellingen Nederland (SEIN):
Voor de behandeling van kinderen met epilepsie heeft SEIN (expertisecentrum voor epilepsie en slaapgeneeskunde) een speciale polikliniek in De Kinderkliniek. SEIN is gespecialiseerd in observatie, diagnose en behandeling van epilepsie. De polikliniek kan gebruik maken van alle mogelijke kennis en faciliteiten van de hoofdvestiging van SEIN in Zwolle. www.sein.nl

Bergmanclinics KNO:
Elke vrijdagochtend houdt of kinderarts Tim Vreede of kinderarts Norbert van den Berg kindergeneeskundig spreekuur bij Bergmanclinics KNO in Hilversum. Vanaf januari 2023 zullen alle afspraken plaatsvinden in Almere.

De Kinderkliniek werkt verder samen met: